Organizacija podataka u sistemu za upravljanje dokumentima podrazumijeva strukturisano i efikasno raspoređivanje dokumenata kako bi se olakšao pristup, pretraga i upravljanje informacijama.
Dokumenti se organizuju putem fascikli, kategorija i sl, omogućavajući logično grupisanje prema tipu, projektu, klijentu ili vremenskom periodu.
Pravilna organizacija podataka osigurava brzinu pretrage, smanjuje rizik od gubitka informacija i omogućava jednostavno praćenje istorije dokumenata.
Osim toga, pomaže u poštovanju zakonskih i regulatornih zahtjeva, posebno u vezi s čuvanjem i zaštitom podataka.